Un narrador omnisciente abre El juego de los herejes con una minuciosa descripción de los últimos minutos de vida del editor Germán Bosco. Su negativa a interrumpir el proceso de edición de un ensayo escrito por Sebastián Gálvez sobre arqueología bíblica le conduce a la muerte.
Tras este asesinato coge las riendas de la narración la detective privado Carmen Hidalgo, que rememorará en primera persona todo lo concerniente a la investigación del caso del llamado «legado mandeo». La rutina de investigar infidelidades conyugales y falsas bajas laborales termina para Hidalgo cuando se presenta en su agencia el agente literario Laureano Gil, que requiere de sus servicios para encontrar a su representado, el escritor Sebastián Gálvez, desaparecido desde hace unos días. También le pide que encuentre el manuscrito de su último libro y los documentos en los que se ha basado para escribirlo.
Carmen Hidalgo no tardará en descubrir que sólo Germán Bosco, el editor asesinado, tenía una copia de la última obra de Gálvez. Un registro en la casa de este último revela que quizá el escritor también esté muerto. Pero la detective no podrá informar de estas averiguaciones a su cliente, porque Gil no sólo ha desaparecido sin dejar rastro, sino que además resulta no ser quien pretendía ser.
Pero el caso no se cerrará ahí: un misterioso individuo llamado Constantine Thibaut-Rochelle, que afirma representar a Black Lantern, una organización filantrópica, le entrega a Hidalgo un fragmento de pergamino escrito en arameo en la Palestina del siglo I d.C. , con el objetivo de que encuentre el resto del documento. Según cuenta Thibaut-Rochelle, el escrito que debe buscar la detective pasó durante siglos de generación en generación y durante la segunda mitad del siglo XX estuvo el lugares tan dispares como Auschwitz, Berlín o Moscú, hasta recalar en su último propietario: el escritor Sebastián Gálvez.
Carmen Hidalgo acude a un primo suyo, Pablo Sesma, experto en arqueología bíblica y lenguas semíticas, para que traduzca el contenido del fragmento, en el que se puede leer lo siguiente:
«... (estaba) Juan el Bautista con sus discípulos en la orilla oriental (del) Jordán y allí acudían las (¿gentes?) para que Juan las sumergiera en (las aguas) y limpiara sus pecados. Entre los que seguían al Bautista se contaban Jesús de Nazaret y su hermano Santiago, y Simón Pedro...».
Todo apunta a que es la primera referencia escrita que existe sobre Jesús de Nazaret, según la explicación de Pablo Sesma.
La aparición de este documento precipita los acontecimientos y el caso se convertirá en un peligroso rompecabezas: a cada paso que da la investigadora, a cada indicio que descubre, se plantean nuevos interrogantes y se complica la resolución de la trama. Porque Carmen no es la única que busca el documento; por el contrario, diversas fuerzas, entre las que se cuentan una siniestra organización llamada La Entidad, la mafia rusa o el mismísimo Centro Nacional de Inteligencia, compiten en una letal carrera por encontrar el documento completo, un manuscrito que puede poner en entredicho algunas de las más firmes creencias de Occidente... o bien no ser más que parte de un viejo engaño urdido durante la Guerra Fría por el desparecido KGB.
Al tiempo que se enfrenta a este caso, Carmen Hidalgo tendrá también que resolver los numerosos problemas de su vida personal.